Tο θεωρητικό πλαίσιο της συλλεκτικής και εκθεσιακής πολιτικής προσδιορίζουν αρχές όπως η δημιουργία αφαιρετικού περιβάλλοντος συμβολικής ιστορικής αφήγησης, η συνειδητή επιλογή εκθεμάτων, που να τεκμηριώνουν τη δράση όσο το δυνατόν περισσότερων κοινωνικών ομάδων στις διάφορες εκφάνσεις της, η οργάνωση των ενοτήτων σύμφωνα με το μουσειολογικό σενάριο, η έκθεση αντικειμένων πλαισιωμένων έτσι ώστε να παραπέμπουν σε εναλλακτικές ιστορικές ερμηνείες από τις κυρίαρχες και η αποφυγή παράθεσης συμπερασμάτων.Μέχρι στιγμής έχει ολοκληρωθεί μουσειογραφικά η ενότητα των οθωμανικών εκθεμάτων στο αίθριο. Οι υπόλοιποι εκθεσιακοί χώροι του μουσείου είναι επίσης επισκέψιμοι αλλά προς το παρόν δεν πλαισιώνονται με εποπτικό υλικό.
Με την εισαγωγή της ανθρώπινης κλίμακας σε όλα τα επίπεδα (μικρό μέγεθος αιθουσών, υποδιαίρεση σε ενότητες, περιορισμένος αριθμός εκθεμάτων, έκθεση καθημερινών, οικείων στο μέσο θεατή αντικειμένων, μορφολογική και ειδολογική ποικιλία), την προσεγμένη αλλά όχι υπερβολική αισθητική της (γήινα χρώματα, μαλακός φωτισμός, λιτές κατασκευές), την αναλογική σχέση εποπτικών μέσων-εννοιολογικών στόχων χωρίς διάθεση εντυπωσιασμού επιδιώκει να δημιουργήσει κλίμα οικειότητας και εμπιστοσύνης καθιστώντας το μουσείο έναν χώρο προσιτό και νοητικά προσβάσιμο στο μέσο επισκέπτη.
